分會理事會為最高決策機構。理事會由成員中的科研事業單位選派1名現職人員組成。任職人員應為分會成員單位法人代表或持有法人代表委托書的高層領導。理事會每屆任期三年。理事會設理事長1人，由理事單位長春光機所推舉產生，主持并全面負責理事會的工作。
分會將根據發展需要聘請專家學者成立專家委員會。分會專家委員會為分會理事會咨詢機構。分會專家委員會由同行技術專家、法律專家和財務專家共同組成。專家委員會設主任1人，必要時可設立副主任1-2人，均由分會理事長提名，經理事會表決通過后任職。
分會日常工作由秘書處負責。秘書處為分會理事會執行機構，依托長春光機所設立。分會秘書處實行秘書長負責制，設秘書長1名，由分會理事長提名，經理事會批準后任職。秘書長向理事長負責，秘書處工作人員由秘書長聘任，由長春光機所派出。
